第二次高考档案的办理流程如下：

联系原学校

如果选择在本校复读，学校会处理档案，你无需担心。档案会保留在原学校的档案室中，绝对不会在班主任那里，复读学校也不会办理新档案。

如果选择在其他学校复读，需要将档案从原学校的教务处或档案室中提取出来并自行保存。在去新的学校办理手续时，需要上交档案。如果已经将档案从原学校取出并交给新的复读学校，那么档案袋一般在复读学校或招生办手中。

联系教育局

如果高中学校未保留高考报名登记表，则需前往市教育局办理。向门卫说明情况后，找到负责高考事项工作人员办理。

如果高考结束后没有高校录取，可以先到当地高招处或母校领取档案，然后自行保管。在复读学校报考时，需要在高考录取时建档时将档案交给班主任。

补办档案材料

高中学生档案：在高中办理，告知毕业年份、届次与班级信息，老师找到档案打印并送校长盖章，自己贴好照片，还需按老师指示前往市教育局在照片盖章。

高考报名登记表：如高中学校未保留，则前往市教育局办理。

高考体检表：由学籍管理老师告知负责高考体检的机构（一般为公立医院，如疾控中心），通过询问门卫、联系相关负责人说明情况后补办。

注意事项

档案原则上不允许由本人保管，学籍档案袋一般是在原学校，因为考上大学后考生要回学校领取档案再进行大学的报道和注册。

如果原学校故意扣留档案，导致你无法拿到档案，那么需要在高考建档时在复读学校重新建档，并到原居住地（如乡村大队、居委会）开具证明，然后新建档案。

建议：

在复读前，务必与原学校沟通清楚档案的处理方式，确保档案能够顺利转交到新的学校。

如果档案在转递过程中到达个人手中，应按照要求尽快移交档案至规定机构，不能留存在个人手中。

如果实在不知道如何办理，可以咨询专业的档案代办机构或当地高招办，他们会提供详细的指导和帮助。