南京市第二十七高级中学的高三校区位于 武定校区。根据最新的信息，高三学生在武定校区进行学习和生活，而高一和高二年级的学生则在夫子庙校区。

具体交通路线如下：

1. 乘坐3路或游1路在 大行宫北站换乘65路到康居里站下车。

2. 乘坐地铁1号线在 珠江路换乘65路到康居里站下车。

建议您根据最新的交通信息和学校安排，选择合适的交通方式前往武定校区。