清华大学目前共设 20个学院和 57个系。学校提供覆盖理学、工学、文学、艺术学、历史学、哲学、经济学、管理学、法学、教育学和医学等11个学科门类的综合性研究型教育。

具体院系设置如下：

建筑学院：

建筑系、景观学系、建筑技术科学系、城市规划系

经济管理学院：

会计系、经济系、金融系、创新创业与战略系、领导力与组织管理系、管理科学与工程系、市场营销系

土木水利学院：

水利水电工程系、土木工程系、建设管理系

环境学院：

环境工程系、环境科学系、环境规划与管理系

机械工程学院：

机械工程系、精密仪器系、能源与动力工程系、车辆与运载学院、工业工程系、基础工业训练中心

人文学院：

中国语言文学系、外国语言文学系、历史系、科学史系、哲学系

航天航空学院：

工程力学系、航空宇航工程系

社会科学学院：

社会学系、政治学系、国际关系学系、心理学系、经济学研究所

理学院：

数学科学系、物理系、化学系、地球系统科学系、天文系

美术学院：

史论分部（艺术史论系）、设计分部（工业设计系、环境艺术设计系、陶瓷艺术设计系、视觉传达设计系、染织服装艺术设计系、信息艺术设计系）、美术分部（工艺美术系、绘画系、雕塑系）

信息科学技术学院：

电子工程系、计算机科学与技术系、自动化系、微电子与纳电子学系（微电子学研究所）、网络科学与网络空间研究院、软件学院信息技术研究院

公共管理学院

马克思主义学院

法学院

新闻与传播学院

五道口金融学院：

技术转移

材料学院

生命科学学院

药学院

万科公共卫生与健康学院

继续教育学院

苏世民书院

教育研究院

全球创新学院

新雅书院

核能与新能源技术研究院

深圳国际研究生院

体育部

语言教学中心

艺术教育中心

31. 燃烧能源中心数学科学中心

32. 出土文献研究与保护中心

33. 电机工程与应用电子技术系

34. 工程物理系

35. 化学工程系

36. 航空发动机研究院

37. 交叉信息研究院

38. 高等研究院

39. 智能产业研究院

40. 未来实验室脑与智能实验室

41. 集成电路学院

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