东南大学在多个学科领域都有显著的优势，以下是一些被广泛认为较好的专业：

建筑学：

全国排名第2，A++评级。

土木工程：

全国排名第1，A++评级。

生物医学工程：

全国排名第3，A++评级。

城乡规划：

全国排名第3，A++评级。

风景园林：

全国排名第3，A+评级。

机械工程：

全国排名前五。

能源与动力工程：

全国排名前五。

信息工程：

全国排名第3，A+评级。

电子科学与技术：

全国排名前五。

计算机科学与技术：

全球前1%，A+评级。

控制科学与工程：

全国排名前五。

材料科学与工程：

全国排名前五。

信息与通信工程：

全国排名前五。

管理科学与工程专业：

全国排名前五。

艺术学理论：

全国排名第二，A+评级。

哲学：

国家级一流本科专业。

金融学：

国家级一流本科专业。

国际经济与贸易：

国家级一流本科专业。

法学：

国家级一流本科专业。

汉语言文学：

国家级一流本科专业。

英语：

国家级一流本科专业。

日语：

国家级一流本科专业。

数学与应用数学：

国家级一流本科专业。

信息与计算科学：

国家级一流本科专业。

应用物理学：

国家级一流本科专业。

化学：

国家级一流本科专业。

统计学：

国家级一流本科专业。

工程力学：

国家级一流本科专业。

电气工程及其自动化：

国家级一流本科专业。

软件工程：

国家级一流本科专业。

31. 网络空间安全：国家级一流本科专业。

32. 给排水科学与工程：国家级一流本科专业。

33. 城市地下空间工程：国家级一流本科专业。

34. 道路桥梁与渡河工程：全国排名第1，A++评级。

35. 化学工程与工艺：国家级一流本科专业。

36. 交通运输：全国排名前五。

37. 交通工程：全国排名第1，A++评级。

38. 核工程与核技术：国家级一流本科专业。

39. 环境工程：国家级一流本科专业。

40. 临床医学：国家级一流本科专业。

41. 医学影像学：国家级一流本科专业。

42. 预防医学：国家级一流本科专业。

43. 医学检验技术：国家级一流本科专业。

44. 信息管理与信息系统：国家级一流本科专业。

45. 工商管理：国家级一流本科专业。

46. 会计学：国家级一流本科专业。

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