高三团员证丢了的处理步骤如下：

确认团关系

确认你的团关系是否还在。如果团关系还在，可以补办团员证。

准备补办材料

准备必要的补办材料，包括书面申请、入团志愿书等。

提交补办申请

将书面申请和所需材料提交给本班组织委员，再由组织委员统一交给分团委组织部。

补办手续

分团委组织部负责汇总补办材料，并按照程序进行补办。

注意补办时间

建议尽快补办团员证，以免影响高考后的大学生活，特别是大一的团活动。

补办费用

补办团员证可能需要缴纳一定的工本费。

档案转移

如果团员档案关系丢失，需要重新申请入团，并办理团关系转移手续。

不影响政治身份

团员证丢失不会影响团员的政治身份和其他重要信息。

综上所述，高三团员证丢了并不可怕，只要按照上述步骤进行补办，并确保团关系顺利转移，就不会对高考和未来的大学生活产生太大影响。建议尽快补办，以免影响参与团内活动。