高考539分能报考的大学包括以下几所：

中北大学

温州大学

安徽理工大学

江汉大学

上海师范大学（中外合作）

江苏师范大学

南京晓庄学院

宁波大学（中外合作）

河南财经政法大学

兰州交通大学

燕山大学

山西财经大学

内蒙古大学

山东师范大学

江苏大学

东北财经大学

中南民族大学

西南科技大学

锦州医科大学

河北师范大学

浙江工业大学

南京工业大学

杭州电子科技大学

淮北师范大学

中国石油大学（华东）

中国药科大学

西南交通大学

重庆工商大学

南京农业大学

这些信息基于不同时间点的数据，具体录取情况可能会因当年的招生计划、考生报考情况等因素有所变化。建议考生关注目标大学的官方网站或咨询学校招生办公室，获取最准确的报考信息。