新高考制度虽然带来了学生自主选择权的增加和文理分科的打破，但也存在一些不容忽视的坏处：

志愿数量增加，填报难度加大

新高考模式下，学生的志愿数量通常在40个以上，且专业组设置和选科要求较为复杂。这对没有填报经验的家长和学生来说，无疑增加了决策的难度和压力。

教师资源分配不均

由于学生选科偏向于某些容易得分的科目（如历史和地理），导致这些科目的教师需求增加，而物理和化学等科目则出现教师资源过剩的情况。这不仅造成了教育资源的浪费，还可能影响到相关行业的发展和国家的整体科技实力。

学生选课功利化

部分学生在选课时缺乏兴趣和长期规划，更多地考虑科目难度和分数，这种功利性的选课方式不利于学生的全面发展和兴趣培养。

走班制实施困难

“走班制”虽然提高了学生的自主选择权，但同时也给教师管理和课堂组织带来了挑战，部分学生可能因此养成松懈的习惯，影响学习效果。

学生课业负担加重

新高考要求学生应对多个科目的合格考和等级考，导致学生疲于奔命，课业负担加重。过重的学习压力可能会影响学生的身心健康和综合素质的培养。

数学考试难度下降

数学取消文理科后，难度可能下降，同时物理和化学成为选考科目，这可能对男生不利，因为他们在理科方面的天赋通常较强。

评价公平性问题

高中学业水平和综合素质评价的公平性受到质疑，尤其是在评价标准和实施过程中的弹性较大，难以确保评价的公正性。

批次合并带来的风险

合并本科一二批次后，所有考生处于同一竞争起点，但这也意味着如果志愿没有填好且不服从调剂，学生将面临较大的滑档风险。此外，高分学生可能因误报独立学院而失利。

综上所述，新高考制度在增加学生自主选择权的同时，也带来了一系列挑战和问题。这些坏处需要在实施过程中不断调整和完善，以确保教育质量和学生的全面发展。