南京的本一大学主要包括以下几所：

南京大学

东南大学

南京航空航天大学

南京理工大学

河海大学

南京农业大学

中国药科大学

南京师范大学

南京邮电大学

南京林业大学

南京信息工程大学

南京工业大学

南京中医药大学

南京医科大学

这些学校均属于国家“双一流”建设高校、“211工程”高校，并且学科门类齐全，科研实力雄厚，拥有一批国内外知名的学者和专家。