柯桥区目前有以下高等教育机构：

浙江农业商贸职业学院柯桥校区

正在建设中的校区，所有建筑已经结顶，整体工程进度达到65%，预计将于2025年9月正式开学并投入使用。

浙江药科职业大学新昌学院

浙江药科职业大学与新昌县人民政府签订补充协议，进一步推进新昌学院的共建事项。

浙江工业大学之江学院

由浙江工业大学与绍兴市柯桥区合作举办的全日制本科独立学院，自2013年起在绍兴校园就学。

浙江树人大学杨汛桥校区

浙江树人大学在柯桥区的杨汛桥镇设有校区，该校区于2014年兴建，并于2016年正式投入使用。

绍兴文理学院

虽然位于越城区，但柯桥区与其临近，是一所地方综合性本科高校，提供多学科协调发展教育。

绍兴职业技术学院

位于越城区，是一所全日制普通高等职业院校。

浙江农林大学暨阳学院

原浙江农林大学天目学院，位于诸暨市城北教育园区，是一所全日制本科独立学院。

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