制药工程专业主要学习以下课程：

基础课程

有机化学

无机化学

生物化学

物理化学

化工原理

专业课程

药物化学

药理学

药剂学

药物合成反应

制药工艺学

制药工程与工艺

中药学（部分中药制药学科）

药用高分子材料

制药分离工程

药物分析

制药装备与车间设计

药事管理学

药品营销（部分中药制药学科）

药用植物学（部分中药制药学科）

中药化学（部分中药制药学科）

中药药剂学（部分中药制药学科）

中药制剂分析（部分中药制药学科）

中药药理学（部分中药制药学科）

植物学（部分农药制药工程学科）

农药学（部分农药制药工程学科）

实验与实践课程

化学与化工实验技能

工业实践

计算机应用

科学研究与工程设计方法

药物生产装置与工艺流程设计

选修课程

根据学科发展和行业需求，可能还会有一些选修课程，如生物制药、化学制药、中药精制、药物制剂技术与工程等。

制药工程专业旨在培养具备扎实理论基础和较强实践能力的高素质工程技术人才，毕业生可以在制药及其相关领域从事药品研发、生产、质量管理和科技服务等工作，也可以进入本学科及相关学科继续深造。