上海新高三学生申请休学，可以按照以下步骤操作：

提交申请

学生或家长需向学校提交书面休学申请，并附上相关证明材料，如病情证明、医院病历、诊断证明、出院小结、建休证明、电脑打印的原始票据等。

学校审核

学校对休学申请进行审核，审核内容包括学生的实际情况和提交的材料。

教育局备案

学校将审核通过的休学申请报所属教育行政主管部门备案。

办理离校手续

审核通过后，学生需向班主任或辅导员办理离校手续，并离开学校。

领取休学证明

学生离校时，需到学校的教学办领取休学证明。

休学期满后复学

休学期满后，学生如需复学，需再次提交复学申请，并提供康复证明等材料，经学校及教育局审批后方可复学。

建议

提前准备：建议学生和家长提前准备好所有必要的证明材料，以便在申请过程中能够迅速提供。

及时沟通：在申请过程中，保持与学校医生、辅导员或班主任的沟通，确保申请流程顺利进行。

了解政策：了解上海市关于高中学生休学的具体政策和要求，以便更好地准备申请材料。