南京在滁州有以下几所大学：

南京工业大学：

在滁州市南谯区科创城建立了新校区。

南京农业大学：

与滁州市人民政府签署全面战略合作协议，并建立了滁州科教创新园。

南京信息工程大学：

在滁州天长市有校区建设。

滁州学院：

位于滁州市区。

滁州职业技术学院：

在滁州有办学项目。

滁州城市职业学院：

在滁州有办学项目。

南京理工大学：

在滁州建设校区，并为校本部编制。

河海大学：

在滁州有办学项目。

南京审计大学：

在滁州有办学项目。

南京科技职业技术学院：

在滁州建设校区。

安徽科技学院：

在滁州有办学项目，并且研究生院已经正式签约筹建。

清华大学：

在滁州建立了学生红色实践基地。

西安交通大学：

在滁州有办学项目。

这些大学在滁州设有校区或办学项目，显示出南京与滁州在高等教育领域的深度合作。这种合作不仅提升了滁州的教育水平，也为当地经济发展带来了积极影响。