南京大学拥有三个校区，分别是 鼓楼校区、 仙林校区和 浦口校区（现名为南京大学金陵学院）。

鼓楼校区位于南京市鼓楼区汉口路22号，分为南园和北园，南园为生活区，北园为学术区。

仙林校区位于南京市栖霞区仙林大道163号，环境优美，设施完善。

浦口校区位于南京市浦口区沿江镇学府路8号，现为南京大学金陵学院。

此外，南京大学在苏州也设有校区，即 南京大学苏州校区。