拥有校旗的大学包括但不限于以下这些：

北京大学

清华大学

中国人民大学

北京师范大学

北京语言大学

北京外国语大学

复旦大学

厦门大学

南开大学

哈尔滨工程大学

吉林财经大学

西安交通大学

陕西科技大学

东华大学（中国纺织大学）

东北师范大学

深圳大学

四川大学

华南理工大学

中山大学

华南农业大学

浙江大学

上海交通大学

南京大学

中国科学技术大学

国防科技大学

东北大学

吉林大学

这些信息来源于不同时间发布的文档，因此建议在实际使用时进一步核实最新的资料以确认各大学是否仍然拥有并使用校旗。