北京协和医院作为国内顶尖的医学院，对口支援和合作的大学包括：

清华大学医学部

北京大学医学部

复旦大学医学院

上海交通大学医学院

北京航空航天大学

北京理工大学

北京师范大学

中国科学技术大学

此外，北京协和医学院还与以下大学有合作关系：

贵州医科大学

青海大学

这些合作旨在共同培养医学人才，促进医学教育与科研的发展。