办理高三改科休学手续的流程如下：

提出书面申请：

由学生或其父母、监护人向学校提出书面申请，并提供县（区）级以上医院病历、主治医生的诊断证明、出院小结、建休证明、电脑打印的原始票据等相关证明材料。

学校审核：

学校审核确认无误后，由学籍管理员填写休学呈批表，班主任、校医、教务（导）主任、校长亲笔署名签章，并报教育主管部门审批。休学呈批表的署名签章必须分清责任人，严禁代签、冒签，否则一切后果由当事人负责。

教育主管部门审批：

教育主管部门从收到休学申请之日起，指定该生到定点医院复检，经核实后十个工作日内给予学校能否休学的明确答复。

通知与备案：

学校接休学批复后，通知学生监护人，并同意该生休学。休学时间从伤病或不可抗拒的因素导致缺课起始日计算，休学期为一年，不得提前或推迟复学，也不得中途到其他学校上学。之后在网上进行休学操作，并提交教育局审核。

休学期满后处理：

休学期满，由学校提交教育局审核并回复学生网络电子学籍。如果因伤病和本人不可抗拒的原因休学期满仍不能复学的，报批后，续办休学手续。

休学批复存档：

休学批复应留在学校作存档之用，作为学生的学籍档案保存五年，不得遗失。

建议在办理休学手续前，先咨询所在学校或教育主管部门的具体规定和流程，确保所有材料齐全并符合要求，以便顺利完成休学手续。