小语种高考的缺点主要包括以下几点：

资源相对有限：

相比英语等主流外语，小语种的教材、师资和学习资源较为有限。

学习成本高：

学习小语种可能需要更多的时间和金钱投入，如参加培训班、购买教材等。

社会认可度：

在某些行业和领域，小语种的社会认可度可能不如英语等主流外语，这可能会影响到学生的职业发展和升学机会。

实用性问题：

如果学生未来的发展不涉及使用该小语种的领域，那么高考时选择的小语种可能在实际生活中用处不大。

学习难度：

对于一些语言结构复杂或者与汉语差异较大的小语种，学习的难度可能会比英语等主流外语更大。

就业局限性：

掌握小语种虽然在某些领域有优势，但在广泛的就业市场上，可能会面临一定的局限性。

时间分配问题：

学生需要在学习小语种和其他学科之间合理安排时间，确保能够平衡各项学业任务。

学习压力：

学习小语种可能会增加学生在学习上的压力，包括语言的听、说、读、写各个方面。

基础英语弱：

如果选择了小语种考试，就意味着高中时间段英语的学习会缺失，导致英语基础较弱，水平有限，大学期间许多课程是英语授课的，面对这些课程可能会较为吃力。

考试难度：

小语种的考试难度较大，对于那些在其他科目成绩较差的学生来说，可能会影响到最终的成绩。

试卷分值较小：

小语种的考试分值较小，如果考试失利，可能会对整体成绩影响不大。

综合以上几点，学生在选择小语种作为高考科目时，需要充分考虑这些潜在的缺点，并根据自身情况和未来职业规划做出明智的选择。