南京的三本大学包括以下几所：

南京理工大学

南京农业大学

南京林业大学

南京师范大学

南京审计大学

南京体育学院

南京艺术学院

南京医科大学

南京邮电大学

东南大学成贤学院

南京大学金陵学院

南京理工大学紫金学院

南京航空航天大学金城学院

南京理工大学泰州科技学院

南京师范大学泰州学院

中国传媒大学南广学院

南京医科大学康达学院

南京中医药大学翰林学院

南京信息工程大学滨江学院

南京邮电大学通达学院

南京财经大学红山学院

南京工程学院康尼学院

金陵科技学院龙蟠学院

南京审计学院金审学院

南京工业大学浦江学院

中国药科大学

南京艺术学院尚美学院

南京师范大学中北学院

南京林业大学南方学院

这些大学在南京设有本科专业，并在不同学科领域具有各自的特色和优势。建议根据个人兴趣和职业规划选择合适的学校和专业。