深圳市的三本大学包括以下几所：

深圳大学

南方科技大学

深圳职业技术学院

深圳信息职业技术学院

暨南大学深圳旅游学院

武汉地质大学的深圳分校

南开大学深圳金融工程学院

吉林大学深圳研究生院

深圳大学城内的其他名牌大学分校区

深圳技术大学

深圳职业技术大学

深圳理工大学

香港中文大学（深圳）

深圳北理莫斯科大学

请注意，深圳并没有传统意义上的“三本”院校，所谓的“三本”在广东通常被称为第二批B类大学。在深圳，第二批次的院校主要是A类院校，如深圳大学。