普洱农业大学设有多个学院，以下是部分学院的列表：

1. 马克思主义学院

2. 经济管理学院

3. 政法学院

4. 教师教育学院

5. 体育学院

6. 人文学院

7. 外国语学院

8. 艺术学院

9. 数学与统计学院

10. 理工学院

11. 生物与化学学院

12. 茶叶咖啡学院

13. 南亚东南亚国际学院

14. 热带作物学院（普洱校区）

15. 继续教育学院

此外，云南农业大学龙润普洱茶学院也是普洱农业大学的一个组成部分，成立于2006年4月，是云南农业大学与国际化、知名企业龙润集团共同创建的服务云南优势产业的特色学院。

建议以学校最新公布的信息为准，因为学院设置可能会有变动。