上海高新区内的大学城主要包括以下几所：

上海交通大学

华东师范大学

上海师范大学

复旦大学（软件学院、微电子学专业、药学院、计算机学院等）

西安交通大学信息安全工程学院

北大微电子研究院

中国美术学院上海设计艺术分院

南洋理工大学

美国杜兰大学商学院

中国科技大学上海研究生院

上海中医药大学

上海纽约大学

这些大学分布在高新区的不同区域，为区域内的科研、教育和创新提供了强有力的支持。