在清朝时期，四川有以下几所大学：

四川大学：

四川大学的历史可以追溯到1896年，其前身为四川中西学堂，由四川总督鹿传霖奉光绪特旨创办。1902年，四川总督奎俊奉旨组建为四川大学堂，年底又奉旨改称为四川高等学堂，这是四川大学的正源。

尊经书院：

尊经书院成立于1903年，是在康熙四十三年（1704年）文翁石室基础上创办的锦江书院并入后成立的。

四川官立高等学校：

这是清朝时期四川的另一所重要高等教育机构。

四川省城高等学堂：

这是四川大学前身之一，由四川中西学堂、尊经书院、锦江书院于1902年合并组建的。

这些大学在清朝时期为四川乃至整个西南地区的教育做出了重要贡献，奠定了现代四川高等教育的基础。