南京市大学排名前三的学校如下：

南京大学：

简称“南大”，是教育部直属的重点综合性大学，国家“双一流”建设高校，入选了多项国家重点发展计划和工程项目。

东南大学：

简称“东大”，是教育部直属并与江苏省共建的全国重点大学，国家“985工程”和“211工程”重点建设大学之一。

南京航空航天大学：

简称“南航”，位于江苏省南京市，是中国航空航天领域的重要高等教育机构。

建议：

南京大学和 东南大学作为国内顶级高校，拥有强大的综合实力和广泛的国际影响力，建议优先考虑。

南京航空航天大学在航空航天领域具有显著优势，适合对航空航天专业感兴趣的学生报考。