东京医科大学设有多个学院，提供不同领域的医学教育和研究。主要学院包括：

临床医学系：

提供基础的临床医学课程，并强化临床技能的培养。

生物医学工程系：

结合医学和工程知识，培养学生在生物医学领域的创新能力。

人体科学系：

研究人体各系统的生理和病理机制，为医学研究和临床实践提供理论基础。

这些学院共同构成了东京医科大学的教育和研究体系，旨在培养高素质的医学人才。