清末时期，中国的高等教育体系开始逐渐形成，其中一些著名的大学包括：

上海交通大学：

其前身是1896年创建的南洋公学，是中国历史最悠久的高等学府之一。

北京大学：

成立于1898年，是中国近代第一所国立大学，初名京师大学堂。

武汉大学：

可以追溯到1893年湖广总督张之洞请清政府创办的自强学堂，1913年由国民政府建立国立武昌高等师范学校，1928年定名为国立武汉大学。

天津大学：

其前身是1895年成立的北洋大学堂，是中国第一所近代大学。

四川大学：

其前身为1902年创立的四川高等学堂。

浙江大学：

也是当时著名的高等学府之一。

岭南大学：

前身为格致书院，创办于1888年，1918年定名岭南大学，是一所教会大学。

山西大学堂：

当时是山西省的最高学府。

陕西三原宏道大学堂：

创办时间1901年，是近代咸阳地区创办最早的高等学府。

清华学堂：

成立于1911年，最初由美国退还的部分庚子赔款创办，后成为清华大学的前身。

这些大学在中国近代教育史上具有重要意义，标志着中国高等教育从传统向现代的转变。