横琴目前只有一所大学，即 澳门大学横琴校区。这所大学是澳门大学在广东省珠海市横琴新区设立的一个新校区，于2009年奠基，并于2013年11月5日正式启用。澳门大学横琴校区占地面积较大，设施完善，包括多个学院，如医学院、工学院、信息学院和设计学院，提供本科和研究生教育。

此外，横琴新区还在规划建设其他教育机构，包括首都师范大学横琴新区伯牙小学、横琴华发容闳学校、横琴华发容闳高级中学以及世界级顶尖学府哈罗礼德学校等。