高考改革中存在的问题主要包括以下几个方面：

两考制度问题：

在浙江和上海，两考（即学业水平考试和等级考试）打乱了学校的教学计划，影响了教学秩序。同时，两考加快了教学进度，使得部分中等生变成了差生，加重了师生的负担，并且与减负的目标相矛盾。此外，赋分起点太高，导致成绩扁平化，造成了新的不公平。

赋分制问题：

多地的赋分制存在问题，如有效分数比例低，区分度差。例如，上海的赋分制有效分数只有30分，3分1档只有11档，区分度极差。山东的赋分制虽然较为合理，但全国其他地区的赋分制仍存在类似问题。

选科失衡：

由于赋分制和学生的功利性选科，导致某些学科如物理选考人数大幅减少，而其他学科如历史、地理选考人数剧增，从而造成教师资源分配不均，影响基础自然科学的发展。

走班制效果差：

走班制是新高考改革方案的要求，但实施效果较差，且增加了师生的负担。英语“一年两考”虽然增加了学生的考试机会，但也给教师带来了更大的压力，且应试教育趋势愈加明显。

高校招生问题：

由于高考改革导致高校生源结构和学生知识结构的变化，高校需要调整人才培养方案，突出专业特色与办学质量。同时，强基计划中的面试环节容易滋生腐败。

测评模型问题：

高考改革的核心在于实现多元化评价体系，但现有的测评模型如CTT和IRT在面对标准参照与常模参照并存的复杂情况时，仍显不足。命题教师也难以把握哪些是标准，哪些是常模。

高考命题问题：

新高考评价体系下，高考命题需要考虑的因素更多，包括素养和能力的考查。但命题的灵活性增加也带来了命题难度，如何确保评价质量和全面性是一个挑战。

其他问题：

包括高考改革带来的教学效果、师资力量、教学资源配置等多方面的问题。

综上所述，高考改革在实施过程中面临诸多问题，需要从制度设计、赋分机制、选科指导、教学资源配置等多个方面进行改进和完善，以确保高考改革的公平性和有效性。