高三理科副科主要包括 物理、化学和生物三门学科。在高考中，这三门学科通常以理科综合的形式进行考试。此外，虽然有些情况下政治和地理也被视为副科，但在理科综合的语境下，它们并不包括在内。因此，对于理科学生来说，高三时主要学习的副科是物理、化学和生物。

建议学生在选择副科时，可以根据自己的兴趣和职业规划来决定，因为不同的副科可能会对未来的专业选择和职业发展产生不同的影响。