以下是一些设有大学院的日本著名大学：

东京大学

日本最高学术殿堂，全球享有极高声誉。

设有多个校区和十五个大学院，涵盖人文、社会、自然、工程、医药等各个领域。

京都大学

日本历史悠久且学科齐全的大学。

设有四个校区和十个大学院，涵盖人文、社会、自然、工程、医药等各个领域。

大阪大学

日本西部地区的重要高等教育机构。

设有多个研究科，包括法学、经济学、工学、文学等。

东北大学

日本东北地区的重要综合性大学。

以金属材料学等领域在世界排名前茅。

名古屋大学

日本中部地区的著名综合性大学。

在工程学和医学领域享有盛誉。

北海道大学

日本最北端的著名综合性大学。

九州大学

日本九州地区的重要综合性大学。

东京工业大学

日本顶尖的理工科大学之一，以工程学和科学研究知名。

早稻田大学

日本历史悠久的私立大学，以商科和文科教育著称。

一桥大学

专注于人文及社会科学领域，商科在日本具有极高声誉。

筑波大学

虽然未明确列出，但也是一所著名的国立大学，设有多个研究科。

政策研究大学院大学

只开设了大学院课程，没有设置学部。

这些大学均设有大学院，涵盖了广泛的学科领域，是日本高等教育的重要组成部分。建议根据具体专业和兴趣选择合适的大学进行申请。