南京的本土大学包括以下几所：

1. 南京大学

2. 东南大学

3. 南京航空航天大学

4. 南京理工大学

5. 南京农业大学

6. 南京师范大学

7. 河海大学

8. 中国药科大学

9. 南京工业大学

10. 南京邮电大学

11. 南京林业大学

12. 南京信息工程大学

13. 南京医科大学

14. 南京中医药大学

15. 南京财经大学

16. 南京审计大学

17. 南京工程学院

18. 南京艺术学院

19. 南京大学金陵学院

20. 中国人民解放军陆军工程大学

21. 东南大学成贤学院

22. 南京航空航天大学金城学院

这些大学中，南京大学和东南大学是211工程和985工程重点建设高校，也是国家“双一流”建设高校。