制药工程专业考研时，有以下几个方向可以选择：

药学专业

专业介绍：药学专业主要学习药学学科的基本理论和基本知识，使学生能在药品生产、检验、流通等领域从事鉴定、设计、一般药物制剂及临床合理用药等方面的工作。

就业前景：药学专业的学生就业率高达95%，社会对药学人才的需求正在增加，尤其是生活水平提高后，人们对保健品的需求增大，企业对药学人才比较青睐。

化学工程与技术专业

专业介绍：化学工程与技术专业结合新能源、生物质能源等特色优势，培养化学工业领域的装置设计、生产管理等方面的高素质人才。

就业前景：该专业的毕业生可以在新能源、生物质能源、绿色化学品等领域找到工作，具有较好的发展前景。

中药学专业

专业介绍：中药学专业主要学习中药学的基本理论和知识，使学生具备中药鉴定、中药制备、中药炮制的基本能力。

就业前景：随着中药产业的快速发展，中药学专业的毕业生在中药生产、研发、质量控制等领域有很大的需求。

药物化学专业

专业介绍：药物化学是一级学科药学下设的二级学科，培养能在科研与开发生产领域从事药物合成、药物设计和功能基因药物研究的高级专业人才。

就业前景：药物化学专业的毕业生在药物研究、生产企业和药政机构等单位有很大的需求，尤其是男生就业前景乐观，薪资较高。

其他方向

药理学：研究药物与生物体相互作用的机制，为药物研发和应用提供理论基础。

药剂学：研究药物制剂的制备、性质、稳定性、使用等，确保药物的有效性和安全性。

药事管理：研究药物的管理、监督、法规等，保障药物的安全、有效和经济使用。

发酵工程：研究利用微生物进行发酵过程的技术和工程应用。

建议

顶尖院校：如果追求顶尖的学术和科研水平，可以选择天津大学、四川大学、中国药科大学和华东理工大学等A+评级的院校。

就业导向：如果关注就业率和行业需求，药学专业和药物化学专业是较为热门且有前景的方向。

个人兴趣：根据个人兴趣和职业规划选择研究方向，如对中药产业感兴趣可以选择中药学专业，对药物研发感兴趣可以选择药物化学专业。

综合考虑以上因素，制药工程专业考研时可以根据个人情况和职业规划选择合适的方向和学校。