清末兴办的大学包括以下几所：

北京大学：

创建于1898年，是中国近代第一所国立大学，初名京师大学堂。

上海交通大学：

其前身是1896年创建的南洋公学，是中国历史最悠久的高等学府之一。

武汉大学：

可以追溯到1893年湖广总督张之洞请清政府创办的自强学堂，1913年由国民政府建立国立武昌高等师范学校，1928年定名为国立武汉大学。

北洋大学堂：

1895年创立，是天津大学的前身，标志着中国近代教育的新篇章。

清华学堂：

由清政府创立，是清华大学的前身，成立于1911年。

福建船政学堂：

1866年设立，是专门为福建船政培训人才的海军学院。

京师同文馆：

清末第一所官办外语专门学校，后并入京师大学堂。

山西大学堂：

1902年建立，与国立北京大学、国立北洋大学并称为中国最早的三所大学堂之一。

四川中西学堂：

1896年创办，是中国西部近代第一所高等学校。

岭南大学：

前身为格致书院，创办于1888年，1918年定名岭南大学，是一所教会大学。

这些大学的建立标志着中国近代高等教育的开端，并在后来的发展中对中国教育产生了深远的影响。