珠海横琴目前 只有一所大学，即澳门大学横琴校区。这所大学是根据2009年中央批准在广东省珠海市香洲区横琴岛上建设的，并于2013年11月5日正式启用。澳门大学横琴校区比老校园大了20倍，并且计划进一步扩大内地生招生比例。此外，横琴新区还在规划建设其他教育机构，包括首都师范大学横琴新区伯牙小学、横琴华发容闳学校、横琴华发容闳高级中学以及世界级顶尖学府哈罗礼德学校等。