南京直辖的大学包括以下几所：

教育部直属高校

南京大学

东南大学

南京农业大学

河海大学

中国药科大学

江苏省属高校

南京师范大学

南京医科大学

南京中医药大学

南京信息工程大学

南京工业大学

南京邮电大学

南京林业大学

这些大学中，南京大学和东南大学是教育部直属的全国重点大学，并且都是“985工程”和“211工程”的重点建设高校，同时入选“双一流”建设高校名单。其他高校如南京航空航天大学、南京理工大学等也均为江苏省属重点大学，并在各自的领域内有着重要的地位和影响力。

建议查询最新的官方资料以获取最准确的信息，因为大学的情况可能会随时间而变化。