华大基因与以下大学签署了合作协议：

丹麦哥本哈根大学

香港中文大学

华南理工大学

中南民族大学

巴林阿拉伯海湾大学 （Arian Gulf University, AGU）

郑州大学

武汉大学

东南大学

华中科技大学

四川大学

电子科技大学

华南师范大学

安徽医科大学

暨南大学

中国地质大学（武汉）

广东医科大学

这些合作涵盖了教育、科研、产业等多个方面，旨在联合培养国际一流的基因组学人才，推动生命科学与基因科技产业的发展。