新雅书院的培养模式是 学生在入学时不分专业，首先接受以数理和人文为核心的特色通识教育，一年后根据个人兴趣和职业规划自由选择清华大学的专业方向或者新雅书院自设的特色交叉专业。学生可以选择的专业方向包括清华的所有专业（八年制临床医学和美术学院专业除外），以及新雅书院自设的以下特色交叉专业：

1. 政治学

2. 经济学与哲学（PPE）

3. 智能工程与创意设计（CDIE）

4. 心理

5. 脑与认知科学（MBM）

这种培养模式旨在培养学生的健全人格、宽厚基础、创新思维、全球视野和社会责任感，使他们成为在各行业能够发挥先锋导向作用的高素质人才。