昆山市制药专业排名学校如下：

中国药科大学（A+）

华东理工大学（A+）

天津大学（A+）

四川大学（A+）

浙江大学（A）

东南大学（A）

华中科技大学（A）

上海交通大学（A）

清华大学（A）

北京大学（A）

建议：

中国药科大学和 华东理工大学在制药工程专业领域具有很高的声誉，建议优先考虑。

天津大学、 四川大学和 清华大学等顶尖高校在制药工程领域的教学和研究实力均处于国内领先地位，也是不错的选择。

根据个人兴趣和职业规划，选择具有较强实力和特色的学校。