大学生贫困补助的二档金额是3000元。

大学生贫困补助分为三档，其中第二档为中度贫困补助，金额为3000元。这一信息来自于2025年1月29日之前的统计，因此可视作当前有效的数据。此外，也有信息称国家助学金的平均资助标准为每生每年3000元，具体标准在每生每年1500-4000元范围内确定，分为2-3档，其中第二档为3000元。

综上，大学生贫困补助的二档金额为3000元。