全国康复工程专业排名前6的大学如下：

湖北商贸学院

上海健康医学院

济宁医学院

新乡医学院三全学院

新乡学院

上海理工大学

建议：

湖北商贸学院和 上海健康医学院在康复工程专业的全国排名中位列前茅，这两所学校在医学教育及相关领域具有较强的实力。

济宁医学院作为一所以医学教育为主体的多科性院校，康复工程专业也是其重点发展的学科之一。

新乡医学院三全学院和 新乡学院作为新乡医学院的下属院校，在康复工程领域也有一定的教学和研究实力。

上海理工大学虽然以理工科见长，但其康复工程专业也具备一定的竞争力。

根据以上信息，选择康复工程专业时，可以考虑这些学校的教学水平、研究实力及就业前景等方面。