新竹市内的大学包括：

清华大学：

成立于1911年，是一所公立普通高等院校，也是环太平洋大学联盟、中欧商校联盟、东亚研究型大学协会成员高校。

交通大学：

创办于1896年，位于新竹市，是台湾顶尖研究型重点大学之一，以理工科著称，尤其在电子、资通讯及光电领域具有世界领先地位。

中华大学：

成立于1990年，前身为中华工学院，位于新竹市香山区，提供多样化学科教育。

玄奘大学：

提供多个学科的教育。

元培科技大学：

位于新竹市，是一所科技大学。