联盟大学虽然具有诸多优势，如资源共享、学术合作等，但也存在一些潜在的缺点。以下是一些主要的缺点：

教育资源不均衡分配：

顶尖联盟大学可能通过联盟获得更多资源和机会，而其他普通高校可能被边缘化，这不利于教育公平性。

过度竞争：

竞争可能促使一些高校追求短期成果，忽视长期研究规划，损害学术的健康发展。

教学质量问题：

随着联合办学项目的增多，一些本身教学质量一般的大学也开展了类似项目，导致教学质量难以保证。

地理位置和气候：

某些联盟大学地理位置偏远，如康奈尔大学，娱乐活动选择有限，冬季严寒，可能影响学生的社交生活。

经济负担：

联盟大学如宾州州立大学等学费和生活费用较高，对于学生和家庭来说是一大经济负担。

学生体验差异：

在联合培养项目中，学生可能在专科院校上课，无法完全体验本科学校的学习氛围和资源。

招生自主性问题：

较为优秀的大学在招生上拥有更大的自主性，这可能导致招生标准的变化，有时可能偏离教育的初衷。

捐赠基金较小：

一些联盟大学如达特茅斯学院的捐赠基金相对较小，限制了学生可以获得的资源，包括研究机会、设施和财务援助。

校区分散：

一些联盟大学如北京联合大学拥有多达12个校区，这种分散的校区布局导致资源无法集中，影响了教学质量。

师资力量和科研水平：

与其他知名高校相比，部分联盟大学在师资力量和科研水平上存在差距，这影响了学校的整体教学质量和学术氛围。

校园设施：

一些校区的设施较为简陋，例如白家庄校区只有三座楼房，宿舍条件一般，甚至需要住校外公寓。

奖学金和财政支持：

奖学金数量不多，财政资金支持有限，使得学校在资金方面显得较为紧张，影响了学校的硬件设施升级和教学质量的提升。

录取分数线：

相对较低的录取分数线可能会让部分学生和家长质疑学校的教学质量。

生源问题：

部分联盟大学在北京主要招收二本学生，在外地招收一本学生，但北京生源占90%以上，这可能导致学校整体生源质量一般，进而影响毕业生的就业和升学竞争力。

学术氛围和校园文化：

一些学生反映，部分联盟大学的学术氛围和校园文化有待改善，这也是学生不满的一个原因。

就业前景：

虽然部分专业就业率达到100%，但联合培养的学生最终只能获得专科毕业证，无法体验本科学校的学习氛围，且考研率低。

学科发展不均：

联合大学的某些学科可能在第四轮学科评估中表现一般，影响学校的整体学术声誉。

学校声誉：

部分联合大学可能在当地考生中声誉一般，但在某些省份可能有一本批次的招生资格。

这些缺点涵盖了教育资源、教学质量、经济负担、学生体验、招生自主性等多个方面，学生在选择联盟大学时需要综合考虑这些因素。