南疆地区目前有以下几所大学：

新疆科技学院：

位于巴音郭楞蒙古自治州库尔勒市，是自治区人民政府举办、教育部批准的省属普通高等学校，也是国家级产教融合试点高校。

新疆理工学院：

位于阿克苏地区，是阿克苏地区唯一一所本科大学。

喀什大学：

坐落于喀什地区喀什市，是一所现代化综合性大学，拥有丰富的学科门类和鲜明的办学特色。喀什大学是南疆五地州中唯一一所综合性大学，也是中西部高校基础能力建设工程高校，2024年获批博士学位授权资格。

新疆和田学院：

位于和田地区，是和田地区的本科大学。

新疆天山职业技术大学（克州校区）：

位于克孜勒苏柯尔克孜自治州，是克州唯一一所本科大学。

塔里木大学：

位于塔里木盆地腹地的阿拉尔市，是一所多民族、多学科、多形式的综合性、应用型现代化大学，也是国家“双一流”建设高校和自治区与教育部“部区合建”高校。

这些大学在南疆地区提供了多样化的教育资源和学科选择，支持当地经济和社会发展。