海关大学通常包括以下部门或院系：

海关与公共管理学院

海关与公共经济学院

工商管理与关务学院

海关法律系

海关外语系

公共教学部

马克思主义学院

检验检疫技术交流部

此外，学校还设有多个研究中心，例如：

海关管理研究所

海关法研究中心

海关风险管理研究中心

关税研究中心

海关公共关系研究中心

报关研究中心

这些部门和研究中心为学生提供与海关相关的教育、研究和培训服务。