截至2024年，南京高淳区有以下几所大学：

南京理工大学紫金学院

南京机电职业技术学院

南财红山学院

江苏卫生健康职业学院

苏州科技大学天平学院

南京工业大学高淳校区（规划建设中）

南京医科大学高淳校区（规划建设中）

南京航空航天大学金城学院（溧水校区）

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