根据2025年校友会发布的信息，上海的大学在全国的排名情况如下：

复旦大学：

全国排名第4位。

上海交通大学：

全国排名第6位。

同济大学：

全国排名第17位。

华东师范大学：

全国排名第25位。

上海科技大学：

全国排名第26位。

华东理工大学：

全国排名第40位。

上海财经大学：

全国排名第52位。

海军军医大学：

全国排名第61位。

上海大学：

全国排名第69位。

上海理工大学：

全国排名第72位。

东华大学：

全国排名第83位。

因此，2025年上海版全国大学中，复旦大学和上海交通大学分别位列第四和第六。