浦口区拥有多所高等教育机构，其中包括：

南京大学

东南大学

南京审计学院

南京信息工程大学

南京农业大学（工学院）

南京工业大学

江苏教育学院

江苏警官学院

江苏陆军指挥学院

南京交通职业技术学院

南京气象学院

东南大学成贤学院

南京铁道职业技术学院

南京工业大学浦江学院

南京审计学院金审学院

这些大学都位于浦口区，为学生提供了丰富的教育资源和学术环境。