在珠海有两所与澳门合作的高校，它们是：

澳门大学：

澳门大学是澳门唯一的一所公立综合性大学，在珠海横琴设有校区。澳门大学在2018年建成开学，并在2020年QS亚洲大学排名中位列第93位。

澳门科技大学：

澳门科技大学在珠海高新区的淇澳岛设有珠海校区。该校与珠海市签约合作办学协议，并计划在该校区周边清理土地，以支持其发展。

建议：

澳门大学：作为澳门唯一的公立综合性大学，澳门大学在学术研究和国际化方面都有显著优势。其横琴校区位于珠海市横琴新区，交通便利，设施齐全，是内地学生留学澳门的优选之一。

澳门科技大学：作为一所私立研究型大学，澳门科技大学在多个学科领域具有较强的科研实力，并且与珠海市有合作办学协议，未来发展前景广阔。其珠海校区位于高新区，环境优美，适合学术研究。

根据以上信息，两所学校各有优势，具体选择哪所学校可以根据个人学术需求和职业规划来决定。