南通大学目前有多位院长，以下是部分学院领导的名单：

艺术学院（建筑学院）

院长：张卫 教授、一级美术师、硕士生导师

文学院

院长：丁富生 教授、硕士生导师

科学学院、教师教育学院

院长：陈炜 博士、研究员、硕士生导师

第二附属医院（南通市第一人民医院）

院长：陈建荣

杏林学院

院长：金国华

医学院

院长：姚登兵

公共卫生学院

党总支书记兼院长：吉明明

护理学院

院长：朱健华 教授、主任医师、医学博士

呼吸内科

主任、教授、主任医师、医学硕士：倪松石

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