深圳高三复读生的档案应该存放在 复读学校或当地教育局。具体处理方式如下：

在本校复读 ：档案继续留在原学校，无需个人干预。档案会由原来学校的档案室保管。

跨校复读：

档案需要从原就读学校档案馆或档案室带走，然后交给新的复读学校。如果档案已经交给新的复读学校，则档案袋一般在复读学校或招生办手里。

特殊情况：

如果原学校愿意帮忙保管档案，则可以选择放在原高中，待录取后再取回来。

其他存放地点

当地教育局或高招办：

在某些情况下，复读生的档案可能会被存放在当地的教育局或高招办，尤其是在学生没有确定复读学校或需要临时存放档案时。

人才中心：对于没有工作的复读生，可以选择将档案存放在当地的人才中心，人才中心会提供档案的托管服务。

建议选择将档案存放在复读学校，因为这样更方便管理和利用，尤其是在办理高考报名、录取等手续时。如果选择其他存放地点，务必确保档案的安全和完整，避免遗失或损坏。