沾益区至少有一所高等院校，即 云南能源职业技术学院。云南能源职业技术学院是云南省内唯一一所主要面向能源行业培养高素质技术技能人才的公办高等职业院校，拥有麒麟和沾益两个校区，其中沾益校区占地面积31.85万平方米，在校学生9130余人。

此外，沾益区还有其他高等院校，包括：

曲靖师范学院：

位于麒麟区，是本科层次的高等院校，公办。

曲靖医学高等专科学校：

位于麒麟区，是专科层次的高等院校，公办。

曲靖职业技术学院：

位于麒麟区，是专科层次的高等院校，公办。

云南工业信息职业学院：

位于沾益区，是专科层次的高等院校，公办。

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